Index of Thoughts & Articles

All Writings

An archive of long-form articles, technical guides, historical analyses, and working notes published over time.

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ১০): কোষীয় সিগন্যাল ট্রান্সডাকশন: জিপিসিআর ও কাইনেজ ক্যাসকেড

একটি জীবকোষ হলো একটি স্বায়ত্তশাসিত তথ্য প্রক্রিয়াকরণ ইঞ্জিন। এটি তার চারপাশের হরমোন, নিউরোট্রান্সমিটার এবং রাসায়নিক সংকেত অবিরত পাঠ করে। কোষীয় সিগন্যাল ট্রান্সডাকশন...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০৯): আণবিক মোটর: এটিপি সিন্থেজ ঘূর্ণন গতিবিদ্যা ও সাইটোস্কেলেটাল ট্রান্সপোর্টার

ন্যানোস্কেলে পদার্থবিজ্ঞানের নিয়ম ম্যাক্রোস্কোপিক জগতের চেয়ে সম্পূর্ণ ভিন্ন। সেখানে জড়তার কোনো ভূমিকা নেই (রেইনল্ডস সংখ্যা $text{Re} sim 10^{-5}$); চারপাশের তীব্র সান্দ্রতা ও...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০৮): জৈব পর্দা, আয়ন চ্যানেল ও অ্যাকশন পটেনশিয়ালের বায়োফিজিক্স

জীবনের অন্যতম মৌলিক বৈশিষ্ট্য হলো সীমানা তৈরি করা। কোষপর্দা—মাত্র ৪ ন্যানোমিটার পুরু একটি উভকামী ফসফোলিপিড বাইলেয়ার—একটি নিখুঁত বৈদ্যুতিক ক্যাপাসিটর এবং রাসায়নিক বাধা...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০৭): এনজাইম গতিবিদ্যা, ট্রানজিশন স্টেট ও অ্যালোস্টেরিক কো-অপারেটিভিটি

এনজাইম হলো জীবকোষের রাসায়নিক কারখানা ও গতির চালক। অনুঘটনহীন বিক্রিয়ার তুলনায় এনজাইম বিক্রিয়ার গতি $১০^৬$ থেকে $১০^{১৭}$ গুণ পর্যন্ত বৃদ্ধি করতে পারে।...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০৬): স্ট্রাকচারাল বায়োলজি: ক্রায়ো-ইএম রিকনস্ট্রাকশন ও আলফা ফোল্ড ডিপ লার্নিং

গত এক দশকে ম্যাক্রোমলিকিউলের ত্রিমাত্রিক গঠন নির্ণয়ের ক্ষেত্রে বিজ্ঞান দুটি যুগান্তকারী বিপ্লবের সাক্ষী হয়েছে: পরীক্ষাগারে ক্রায়ো-ইলেকট্রন মাইক্রোস্কোপি (Cryo-EM)-এর রেজোলিউশন বিপ্লব এবং কৃত্রিম...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০৫): প্রোটিন ফোল্ডিং বায়োফিজিক্স ও লেভিনথালের শক্তি ল্যান্ডস্কেপ

কীভাবে একটি সম্পূর্ণ খোলা, রৈখিক পলিপেপটাইড চেইন মাত্র কয়েক মাইক্রোসেকেন্ডের মধ্যে স্বতঃস্ফূর্তভাবে তার সুনির্দিষ্ট ত্রিমাত্রিক কার্যকরী গঠনে রূপান্তরিত হয়? এই জটিল প্রক্রিয়াটি—প্রোটিন...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০৪): রাইবোজোম: প্রোটিন অনুবাদের আণবিক ইঞ্জিন ও পেপটিডাইল ট্রান্সফারেজ

রাইবোজোম হলো জীবকোষের সর্বজনীন আণবিক কারখানা—একটি বিশালাকার ২.৫ থেকে ৪.৫ মেগাডাল্টন বিশিষ্ট রাইবোনিউক্লিওপ্রোটিন ইঞ্জিন যা প্রতি সেকেন্ডে ১৫ থেকে ২০টি পেপটাইড বন্ড...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০৩): আরএনএ গঠনগত গতিবিদ্যা, অনুঘটক রাইবোজাইম ও আদিম আরএনএ বিশ্ব

ডিএনএ-এর অনমনীয় ডাবল হেলিক্সের বিপরীতে আরএনএ (RNA) অণুর রয়েছে অভাবনীয় কাঠামোগত স্থিতিস্থাপকতা। এর রাইবোজ সুগারে ২’-হাইড্রক্সিল গ্রুপের উপস্থিতির কারণে আরএনএ একই সাথে...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০২): ডিএনএ ডাবল হেলিক্সের ত্রিমাত্রিক গঠন ও টপোলজিক্যাল সুপারকয়েলিং

ডিএনএ কেবল জেনেটিক তথ্যের নিষ্ক্রিয় সংরক্ষণাগার নয়; কোষের অভ্যন্তরে ডিএনএ আচরণ করে একটি স্থিতিস্থাপক পলিমার রডের মতো, যার গতিবিদ্যা নিয়ন্ত্রিত হয় অন্তরক...

আণবিক বায়োফিজিক্স ও কম্পিউটেশনাল কোষ (পর্ব ০১): সেন্ট্রাল ডগমা ও জীবকোষের জৈব-তথ্য প্রবাহের সার্বিক রূপরেখা

আধুনিক আণবিক বায়োফিজিক্সের তাত্ত্বিক ভিত্তিপ্রস্তর স্থাপিত হয়েছিল ১৯৫৮ সালে ফ্রান্সিস ক্রিক কর্তৃক প্রস্তাবিত মলিকুলার বায়োলজির সেন্ট্রাল ডগমা (Central Dogma)-এর মাধ্যমে। এটি কেবল...